Trải qua 66 năm hình thành và phát triển (1945 - 2011) với những tên gọi khác nhau ở từng thời kỳ cách mạng, dưới sự lãnh đạo của Đảng, Nhà nước, ngành NN&PTNT Nghệ An đã vượt qua nhiều khó khăn, thử thách, đấu tranh với đói nghèo, thiên tai, dịch bệnh, góp phần quan trọng vào sự phát triển của nền kinh tế Tỉnh nhà.
Với những đóng góp to lớn cho ngành nông nghiệp, nông thôn nói riêng và sự phát triển của nền kinh tế Nghệ An nói chung, Sở NN&PTNT Nghệ An đã vinh dự được Nhà nước, các cấp, các ngành trao tặng nhiều phần thưởng cao quý:
- Huân chương Độc lập hạng Ba;
- 03 Cờ thi đua của Chính phủ;
- 04 Cờ thi đua xuất sắc, 03 Bằng khen của Bộ NN&PTNT;
- 01 Bằng khen của Ủy ban Quốc gia cứu nạn;
- 03 Cờ Thi đua xuất sắc, 02 Bằng khen của UBND tỉnh Nghệ An;
- từ năm 2000-2010, Đảng bộ liên tục đạt danh hiệu “Trong sạch vững mạnh”, Công đoàn được công nhận “Vững mạnh xuất sắc”;
- năm 2010, được suy tôn là đơn vị dẫn đầu phong trào thi đua Khối Sở NN&PTNT các tỉnh vùng duyên hải Bắc Trung Bộ và Khối các ngành kinh tế tỉnh Nghệ An...